Auf der Basis des Leopard 2 A5 wurde der Leopard ab 1999 zusätzlich mit einer leistungsfähigeren Waffenanlage versehen und als Leopard 2 A6 eingeführt. Die Kaliberlänge der 120mm Rheinmetall Glattrohrkanone wurde um 1,3m auf L/55 erhöht. In Verbindung mit der neuen LKE II Munition ist der nunmehr Leopard 2 A6 genannte Kampfpamnzer in der Lage z.B. die Turmfront eines T-80 auf über 3.000m Entfernung zu durchschlagen.
Als erste Bundeswehreinheit wurde 2001 das Panzerbataillon 403 mit dem A6 ausgerüstet.

2005 wird damit begonnen die Nebelmittelwurfanlage auf einen neuen Typ umzurüsten, der neben Nebelmunition auch andere Typen wie Bombletts verschießen kann.

Um den neuen Bedrohungsszenarien durch Minen gerecht zu werden wurde ab 2004 ein erstes Los von 70 Leopard 2 A6 durch umfangreiche Umbaumaßnahmen minensicher gemacht und als Leopard 2 A6M in die Bundeswehr eingeführt. Äusserlich erkennbar nur an der neuen, zusätzlichen Bodenplatte, die vorn ansatzweise sichtbar ist. Intern wurden die Turmsitze entkoppelt, der Fahrersitz auf einen Gurtsitz umgerüstet, Drehstäbe verstärkt und ummantelt, die Notausstiegsluke modifiziert und Ausrüstung umverteilt und minensicher gemacht.
Die Umbaumaßnahmen ließen das Gefechtsgewicht auf 62,5t ansteigen.
2016 wurde begonnen, die vorhandenen Leopard 2 A6M mit Aufrüstungen aus dem Leopard 2 A7 Programm kampfwertzusteigern. Dies betrifft der Einbau der Aussenbordsprechstelle am Heck mit einhergehender Änderung der Abschleppseilführung, sowie Einbau des Ultracaps auf dem Kampfraumdach.
Die Version A6MA2 hat darüberhinaus das Nachtsichtsystem SPECTUS für den Fahrer erhalten, sowie das niederländische Führungssystem ELIAS.